Bệnh lupus ban đỏ hệ thống không chữa khỏi được, nhưng có thể điều trị được.

Vào những năm 1950, đa số bệnh nhân sống không quá 5 năm. Những tiến bộ trong chẩn đoán và điều trị đã làm tăng tỉ lệ sống, hiện nay, hơn 90% bệnh nhân có thể sống được trên 10 năm, và nhiều người có thể sống mà không có triệu chứng gì. Tiên lượng ở đàn ông và trẻ em thường xấu hơn ở phụ nữ; tuy nhiên, nếu các triệu chứng xuất hiện sau 60 tuổi thì bệnh thường lành tính hơn. Chết sớm trong vòng 5 năm thường do suy các cơ quan nội tạng hoặc do viêm nhiễm quá nặng. Nhưng 2 nguyên nhân đó đều có thể kiểm soát được nếu chẩn đoán và điều trị sớm. Nguy cơ tử vong thường cao hơn gấp 5 lần so với người bình thường ở giai đoạn cuối, do các bệnh tim mạch gây ra bởi các loại thuốc corticosteroid. Các bệnh tim mạch cũng là nguyên nhân gây tử vong cao nhất ở bệnh nhân lupus ban đỏ hệ thống.[50]

Để giảm thiểu nguy cơ về tim mạch, cần ngăn ngừa và điều trị triệt để tình trạng huyết áp cao và cholesterol cao. Chỉ nên dùng các loại thuốc dạng steroid ở liều lượng thấp nhất trong thời gian ngắn nhất có thể, và nên dùng các loại thuốc khác để giảm triệu chứng nếu có thể.[50] Hàm lượng creatinine trong huyết thanh cao, huyết áp cao, hội chứng hư thận (nephrotic syndrome), thiếu máu và giảm albumin trong máu là những yếu tố tiên lượng không tốt.[56]

Xét nghiệm kháng thể kháng nhân (ANA) là xét nghiệm sàng lọc nhạy nhất để đánh giá, còn xét nghiệm kháng thể anti-Smith là đặc hiệu nhất. Kháng thể kháng sợi đôi DNA cũng tương đối đặc hiệu và thường thay đổi theo tiễn triển bệnh, vì thế nên nồng độ sợi đôi DNA đôi khi được dùng để giảm sát các cơn phát bệnh hoặc đáp ứng điều trị.[57]